
Reprimió con firmeza las conspiraciones contrarias a la persistencia del domino español en el Perú entre 1809 y 1810. mientras sus pares en otras capitales virreinales aceptaban las demandas revolucionarias. Peparó fuerzas expedicionarias con las que sofocó los primeros movimientos independentistas de Chile, Ecuador y el Alto Perú, y estuvo cerca de destruir la junta de gobierno patriota de Buenos Aires. Fue un convencido realista y absolutista, obstaculizó la implementación en el Perú de la constitución de Cádiz de 1812. Aunque el Perú sufrió un trastorno entre 1814 y 1815 por una seria insurrección en el Cuzco, seguía siendo un bastión del fidelismo cuando Abascal se retiró a la península en 1816.
Siguiendo a John Fisher en su libro El Perú Borbónico (IEP, Lima, 2000), por su papel represor fue honrado por el rey Fernando VII de España con el título de "Marqués de la Concordia".
Sus colaboradores principales fueron criollos o peninsulares de larga residencia en América pero de ideas o experiencias políticas diferentes a los colaboradores de los funcionarios que le precedieron. El 13 de julio de 1810 creó el Ejército del Alto Perú y puso al frente como comandante a José Manuel de Goyeneche, nacido en 1776, hijo de un navarro casado con una arequipeña. El Comandante Goyeneche, quien estudió en España donde hizo su carrera militar, llegó a ser la figura clave en la política externa del régimen entre 1809 y 1813; también su hermano mayor, que fuera nombrado Oidor del Cuzco en 1806, y de Lima en 1813, y otro hermano menor fue Obispo de Arequipa a partir de 1816.
Carlos IV lo nombró Caballero de Santiago, y Goyeneche regresó al Perú en diciembre de 1808 como Comisionado de la Junta Central y Brigadier del ejército. El Virrey Fernándo de Abascal y Sousa lo envió al Cuzco como Presidente interino el lo de setiembre de 1809, en la época de la primera intervención militar limeña en los asuntos del Alto Perú. El virrey lo puso por encima del Regente, el galaico Manuel Pardo y Ribadeneira.
Otro colaborador del virrey contrarevolucionario fue Juan Pío de Tristán y Moscoso (n. 1773), que perteneció a dos familias notables de Arequipa. Su padre era corregidor de Larecaja en el momento de la rebelión de Túpac Amaru. Pío Tristán y su hermano también recibieron su primera experiencia militar en España, y regresaron con Goyeneche. La carrera de Tristán revela las continuidades en la historia peruana en esa época, a pesar de la eventual ruptura con España y la formación de la República del Perú. En 1815, Tristán era Intendente de Arequipa, y en 1816 presidente interino del Cuzco.
Fue en Cuzco, en donde Goyeneche reclutó los soldados del Ejército del Alto Perú para combatir a los independentistas de Buenos Aires.